微波环保装备研究所隶属于南京三乐微波技术研发部门。三乐微波环保装备研究所下设管理室、专用装备设计室、总体设计室、工艺研究室、磁控管研究室及仿真计算中心等，现有高级工程师10人，研发人员50人，其中90%以上为本科及以上学历，40%以上为硕士研究生。

主要负责微波装备事业部各项研发和技术管理工作：

        一、负责微波环保装备总体设计与系统集成；

        二、负责微波源的研发与磁控管应用研究；

        三、负责微波作用机理、应用工艺的研究；

        四、负责微波应用工艺实验；物料成分、试验结果化验分析；

        五、负责微波源及环保装备与使用技术支持。

        三乐微波环保装备研究所与国内多所高校保持密切合作，技术实力雄厚，被江苏省科技厅认定为江苏省微波环保装备工程技术研究中心，南京市发展和改革委员会认定为南京市工程研究中心；被南京市科学技术委员会认定为南京（三乐）微波节能环保装备工程技术研究中心。微波环保装备研究所拥有“磁控管用的水冷电磁铁及磁控管装置”、“微波气体裂解装置”等13项发明专利、“微波加热设备控制装置”、“用于微波加热系统的微波传输系统”等27项实用新型专利和8项软件著作权。

  微波仿真设计中心建成于2015年6月，于2015年7月3日正式投入启用，建设总面积260平方米，拥有100余平方米仿真演示厅。仿真中心基础设施建设先进，并引进功能齐全的仿真设计软件平台（主要包括动态高频仿真设计COMSOL软件、电磁场仿真设计CST及 Ansoft HFSS软件、流体仿真设计FLUENT软件、电气设计Protel及电气仿真设计MATLAB--SIMULINK软件、结构设计及分析软件Creo 2.0等），建立并行计算站。有效提高仿真计算速度，提升计算精度，满足大型设计、大项目计算的需求。全方位满足了系统分析、项目设计、动态仿真等需求，突破微波设计的应用“瓶颈”，为实现微波设备高效率、高可靠性、高精度工作提供有效的支撑。